酸素の消費を伴う呼吸．好気呼吸では解糖系で生じたピルビン酸やリンゴ酸がミトコンドリアに運ばれTCA回路と電子伝達系を経て，完全に二酸化炭素に酸化される．嫌気呼吸に比べて等量の炭水化物から得られるATP量はかなり多い．湿生植物やイネなどでは細胞間隙に富む通気組織を発達させ，地下部の酸素分圧を低下させないようにして，好気呼吸を行いやすくしている．樹木の茎や根に見られる皮目も内部の組織の好気呼吸に役立っている．
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