Rubisco (ルビスコ)によりリブロース1,5-ビスリン酸(RuBP)とCO2が反応すると,炭素数3の化合物,3-ホスホグリセリン酸(3-PGA)が2分子生ずる.それは還元的ペントースリン酸回路によりRuBPの再生に至る.この回路をC3サイクルと呼ぶ.一方, RubiscoによるRuBPと酸素の反応では炭素数2の2-ホスホグリコール酸と3-PGAが生ずる.2分子の2-ホスホグリコール酸はC2サイクル(グリコール酸回路,光呼吸経路と同義)により3-PGAとなる.この3-PGAはC3サイクルによりRuBPとなる.すなわち,C2サイクルがサイクルとして機能するためにはC3サイクルが働くことが不可欠である.