緑色硫黄細菌と繊維状非酸素発生型光合成細菌(緑色糸状性細菌)を緑色光合成細菌と総称する. 16S rRNA に基づく分子系統関係では,両細菌の系統は異なるが,バクテリオクロロフィルの合成酵素の分子系統樹では両細菌は姉妹群を形成し高い近縁性を示す.緑色硫黄細菌Chlorobaculum tepidumと繊維状非酸素発生型光合成細菌Chloroflexus aurantiacusの全ゲノム配列が決定され,両者の遺伝子を比較することにより明らかとなった.