タンパク質と低分子の非タンパク質で構成される複合タンパク質のタンパク質部分をさす.アポタンパク質と非タンパク質部分との複合体をホロタンパク質という.ホロタンパク質は非タンパク質の低分子化合物と非共有結合している場合と共有結合している場合とがある.たとえば,集光性クロロフィルa/bタンパク質複合体(LHCII)の場合のアポタンパク質はその色素を除いたタンパク質部分をさす.