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細胞，組織などを構成するタンパク質全体をプロテオームと呼び，それを網羅的に解析するのがプロテオーム解析（Proteomic analysis）である．従来二次元電気泳動法などにより，タンパク質を分離する技術に基づいていたが，タンパク質の質量分析技術の飛躍的な向上により，微量な材料から網羅的な解析が可能となった．トランスクリプトーム解析が，転写産物のレベルで遺伝子の発現を解析する技術であるのに対し，プロテオーム解析は，翻訳，タンパク質の修飾，安定性等の制御を反映した タンパク質の状態を解析するものである．光合成研究においても，多くのタンパク質がプロテオーム解析により発見されている．
