亜硫酸イオンは硫酸イオン還元経路の中間体であるが，毒性が強いため素早く代謝する必要がある．亜硫酸イオンの還元的な代謝は亜硫酸レダクターゼによって行われ，硫化物イオンに変換される．また，亜硫酸イオンの酸化的な代謝も知られており，亜硫酸オキシダーゼによって硫酸イオンが生成する．
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