実際に観察されるCO2吸収速度(純光合成速度)は，光合成によるCO2吸収速度と光呼吸およびミトコンドリア呼吸によるCO2放出速度の差である．これらからミトコンドリア呼吸速度を除外したCO2吸収速度が真の光合成速度である．ミトコンドリア呼吸の速度は光の有無によって変わるため，純光合成に暗呼吸を加えたもの(総光合成速度)とは必ずしも一致しないが，一般には同義語として使われている．
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