生物の形質データに基づいて推定された生物進化の歴史を樹状図に表したもの.ヘッケルによって生物の系統発生を示すものとして初めて用いられた.生物の種間に見られる形質の類似や差異の進化過程を樹状図上の分岐として表し,分岐の時期をも表す.近年用いられている分子系統解析結果としての分子系統樹では,分子間の進化距離が樹状図によって表されている.