フィコビリタンパク質の集合体であるフィコビリソームの中で,フィコビリソームとチラコイド膜を結合する役目を果たすタンパク質.コア-膜リンカーポリペプチド(LCM, core-membrane linker polypeptide)ともいう.apcE遺伝子がコードする.分子量が65~130 kDaで,他のフィコビリタンパク質がサブユニットとして18~20 kDa 程度の分子量をもつのに比べてはるかに大きい.アンカータンパク質は1分子の発色団(フィコシアノビリン)を結合しており,約680nmの長波長蛍光を発する特性をもち、これがフィコビリソームから膜内のクロロフィルaへのエネルギーの橋渡しをする.
アンカータンパク質は、上記の色素結合ドメインとともに2から4個のリンカードメインをもつ.このアンカータンパク質は二量体でコアシリンダーをつないでいる.そのため、そのリンカードメインの数がフィコビリソームのコアの構造(コアシリンダーの数は2,3、5)を決定しているといわれている.
apcE遺伝子がコードする典型的なアンカータンパク質を介さずに、フィコビリソームが光化学系複合体に結合する例として、ロッド–膜リンカーポリペプチドのCpcLを介するものがいくつかのシアノバクテリアで存在している.このリンカーポリペプチドも広義のアンカータンパク質といえる.