メバロン酸経路あるいは非メバロン酸経路でつくられたイソペンテニルピロリン酸(IPP)は異性化してジメチルアリルピロリン酸になり,次にIPPが結合してゲラニルピロリン酸,さらにIPPが結合してファルネシルピロリン酸(FPP),さらにゲラニルゲラニルピロリン酸合成酵素(CrtE)によりIPPが結合してC20のゲラニルゲラニルピロリン酸(GGPP)が合成される.この酵素は種々の動植物,細菌にも存在し,遺伝子の塩基配列は種々の光合成生物でも決められていて互いに相同性がある. FPPはバクテリオクロロフィルのファルネソール,キノンなど, GGPPはクロロフィルやバクテリオクロロフィルのフィトール,キノンなどの前駆体でもある.次にフィトエン合成酵素(CrtB)によりGGPP 2 分子が縮合して,イソプレンが8分子,炭素数40から成る最初のカロテノイドであるフィトエンが合成される.この酵素の遺伝子は種々の光合成生物から単離され,互いに相同性がある.