実際に観察されるCO2吸収速度(純光合成速度)は,光合成によるCO2吸収速度と光呼吸およびミトコンドリア呼吸によるCO2放出速度の差である.これらからミトコンドリア呼吸速度を除外したCO2吸収速度が真の光合成速度である.ミトコンドリア呼吸の速度は光の有無によって変わるため,純光合成に暗呼吸を加えたもの(総光合成速度)とは必ずしも一致しないが,一般には同義語として使われている.