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FADやFMNなどリボフラビンの誘導体を補欠分子族として結合しているタンパク質の総称で，酸化還元酵素として機能することが多い．光合成での酸化還元酵素としては[[フェレドキシン-NADP+オキシドレダクターゼ]](FNR)が代表的である．その他光回復酵素や光情報伝達系の光受容体としても機能する．一部のフラビンタンパク質はフラビン部分とタンパク質は共有結合をしているが，非共有結合で結合している場合には，酸性処理によってフラビン部分を遊離させ，薄層クロマトグラフィーや高速液体クロマトグラフィーなどによってフラビンを分離・同定することができる．
