植物とシアノバクテリアの光化学系Ⅰ(PsaA/PsaB)と光化学系Ⅱ(D1/D2あるいはPsbA/PsbC)),紅色細菌の光化学系Ⅱ型反応中心(PufL/PufM)の光化学反応を担う中核部分は相互に80%程度のアミノ酸配列類似性を示す2つのタンパク質から成り,ヘテロダイマー型反応中心と呼ばれる.この中では膜面垂直軸を中心にほぼ対称位置に電子供与体クロロフィルや電子受容体クロロフィル(またはフェオフィチン),キノンなどが配置されているが,反応環境となるタンパク質の違いにより光反応に伴う電子移動は片方を優先的に通ると考えられている.