光化学系Ⅱの周辺部に位置し,クロロフィル,カロテノイド,脂質などを結合したタンパク質超分子複合体.真核の藻類や緑色植物の葉緑体チラコイド膜上に存在し,シアノバクテリアには存在しない(シアノバクテリアでは水溶性のフィコビリンタンパク質が光化学系Ⅱのアンテナとして機能している).緑藻や高等植物では、最外殻に位置するペリフェラルアンテナが多数のLHCII(CP27)の集合体によって構成され,光エネルギー捕捉の主たる場として機能する.その内側には,よりクロロフィルa/b比の高いCP29, CP26, CP24 (それぞれ29, 26, 24 kDa の大きさをもつクロロフィルタンパク質の略)がインナーアンテナを構成する。さらに内側にはクロロフィルaのみを結合するCP43とCP47から成るコアアンテナが存在するが,これはアンテナ色素タンパク質複合体には含めないことが多い.珪藻や褐藻などでは、クロロフィルa以外にクロロフィルcやフコキサンチン等を結合したアンテナタンパク質が多数あり、FCP等を形成して働いている。アンテナ色素によって捕捉された光エネルギーは外側から内側の順にPSII反応中心に向かって伝達され,最終的に光化学系Ⅱ反応中心において化学エネルギーに変換される.