葉緑体の主要な可溶性の区画.シアノバクテリアの細胞質と等価.炭素同化や窒素同化,デンプン合成などの場であり,そのタンパク質の約半分はRubisco (ルビスコ)が占めている.ストロマのpHは明暗で変動し(明:約8,暗:約7), Rubiscoなど還元的ペントースリン酸回路(カルビン回路)の酵素の活性化にも関わっているといわれている.