亜硫酸イオンは硫酸イオン還元経路の中間体であるが,毒性が強いため素早く代謝する必要がある.亜硫酸イオンの還元的な代謝は亜硫酸レダクターゼによって行われ,硫化物イオンに変換される.また,亜硫酸イオンの酸化的な代謝も知られており,亜硫酸オキシダーゼによって硫酸イオンが生成する.