分子状酸素の消費を伴わない呼吸．炭水化物などの基質を酸化してエネルギーを形成するが，酸素を最終電子受容体とせず，代わりにエタノールや乳酸などの発酵産物をつくる．好気呼吸よりもエネルギー効率が悪い．冠水した地下部や種子など酸素が不充分な環境の植物組織で起こる．また，最終電子受容体として硝酸塩や硫酸塩のような無機酸化物を利用する嫌気性細菌の呼吸(硝酸呼吸，硫酸呼吸，DMSO呼吸，TMAO呼吸])も嫌気呼吸に含まれる．
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