真核細胞の起源を説明する説.内生説では原核細胞の内膜が発達することで細胞内を区画化してオルガネラを形成したと提唱するが,共生説は外来の原核生物が共生段階を経てオルガネラ化されたと主張する.この説では葉緑体はシアノバクテリア,ミトコンドリアはαプロテオバクテリアがその起源とされる.これらのオルガネラの共生起源については十分な証拠により立証されているが,核や鞭毛の共生起源については今のところ確定的な証拠はない.