暗期を挟んで繰り返し照射される様々な長さのパルス光.光化学反応と引き続き起こる暗所で進行する過程が含まれる反応では,間欠光によりその反応の解析を行うことができる.古くは酸素発生でみた光合成の量子収率が間欠光下では連続光より高いことより明反応と暗反応の概念が提案された.もやしを長い暗期の間欠光で照射すると葉緑体は発達し電子伝達複合体も構築されるが,酸素発生活性を示さない.これはマンガンクラスターが光に依存しない反応を介した2つの光化学過程(光活性化反応)により構築されることに起因している.間欠光下ではクロロフィルbの合成が制限され,集光性クロロフィルa/bタンパク質の組成も変化する.