光合成組織において，光合成が停止する暗黒条件で測定される呼吸．通常，暗黒下における植物組織からの二酸化炭素放出あるいは酸素吸収として測定される．真核生物の場合はミトコンドリアで行われ，従属栄養生物の呼吸に相当する．光合成組織の呼吸測定は，光照射下では光合成が働くため，従来から暗黒下で行われてきた．光照射下においては光合成組織で光呼吸が働くために，二酸化炭素放出あるいは酸素吸収総量は暗呼吸による量よりも大きい．
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