光変換により生じたPfrが暗所でPrに戻ることが観察される場合がある．これをPfr暗反転と呼ぶ．試験管内でみられるPfr暗反転については，フィトクロム標品の部分的分解に起因する人為的現象である場合が多い．一方，生体内でみられるPfr暗反転はフィトクロムのターンオーバーが寄与していると考えられるが，それのみでは説明できない例も報告されている．
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